当时国民党在日军犯罪调查报告中发表为39万人，也有的认为是50万人。经过论证，认为这两个数字证据不足，而报告中提出屠杀30万，有充分资料作为根据，是正确的结论。解放以后，南京市人民政府对南京大屠杀案多次进行调查，特别是十一届三中全会后成立了史志部门，抽调了专家，除全部重新审阅已有的材料和档案外后，又进行了普遍调查。经过专家论证，肯定被日本侵略军屠杀的受害者在30万以上。
第三部分第37节外国人之目睹及其文字记载(8)
远东国际军事法庭在开庭审判战犯之前，根据中国南京地方法院检察处所提供南京大屠杀的证据，曾派美军上校托马斯.h.莫罗到南京调查、核对、鉴别，认定南京地方法院检察处所提供南京大屠杀的证据真实、可靠，手续符合法律程序，应该给予认定。因此，远东国际军事法庭在判决书中写道：
据后来估计，日本军在占领南京后的最初六个星期的时间里，在南京及其附近被杀害的普通老百姓和俘虏，总数在二十万名以上。这些估计并不夸大，那可以从掩埋队以及其他慈善团体所掩埋的尸骸达十五万五千具这一事实得到证据……这些数字没有把被日本军焚烧后丢弃的、投放扬子江的以及用其他方法处理的许多人在内（《记录》载前引书1，第396页）
上述判决与南京地方法院检察处所提供南京大屠杀被日本军杀害的总人数在30万人以上并不矛盾。须知，红十字会南京分会和崇善堂共掩埋尸体155,338具，加以其他慈善团体掩埋的尸体数已近20万。如果包括碇泊场司令部和日军作战部队所处理的尸体数，总数超过了30万。
日本政府至今还不承认南京大屠杀中被杀害者是30万人以上，只是含糊其词地说“与事实有较大的差异”。“差异”到底有多大?日本方面没有说出具体数字。我们认为日本方面肯定保存着南京大屠杀的资料，否则他们不可能公开强调“差异”。
第一，日本军方对南京大屠杀事件必有记载。华中方面军攻陷南京后除公开发表战报外，内部肯定有“误伤”市民的记载，此点是根据松井石根在举行入城仪式后接着又在明故宫机场举行“忠灵祭”，领们说：“你们艰苦战斗，振我皇威，可惜部分士兵之暴行，使皇威一举扫地。”可见暴行程度之严重，军中不可能没有记载，尽管是大大缩小的事实，但不可能只字不提。
其次，当时任外务省东亚局长石射猪太郎证实参谋本部曾派本间少将到南京制止日本军的暴行。松井石根在接受远东国际军事审判时，对向他提出的反问所作的陈述是，本间陆军少将受参谋本部的派遣，于一月下旬前往他在上海的司令部。说是东京当局看到了关于在华日本兵暴行的有关报告，非常遗憾。就此事石射猪太郎在远东军事法庭审判时作证说：“记得是在1938年2月底左右，陆军中央特别派人前往当地的军队。后来知道派的是本间少将。从此以后，南京大屠杀才停止下来。”（引自《大屠杀》第183页）
第三，陆军省肯定收集了南京大屠杀的资料。人们现在都知道，在南京大屠杀事件发生后，屈于一些国家政府的谴责和舆论的压力，陆军中央部对此感到十分狼狈，曾于1938年2月把华中方面军司令官松井石根、上海派遣军司令官朝香宫和第10军参谋长桥本欣五郎为首的约80名参谋军官召回国内，对他们提出了警告，换句话说涉外问题作了内部处理。在这一过程中陆军省必须占有南京大屠杀的资料，否则不可能接受对他们的指责。
第四，南京大屠杀期间，安全区国际委员会不间断地向日本驻华使馆致函，报告日本军在安全区内及其周围的暴行。同时日本各驻外使馆也不可能不收集各所在国政府和舆论对日本的指责。所有这些都会汇集到外务省，一一记载下来。
第五，红十字会和崇善堂等团体掩埋尸体是在日本军允许、监视之下进行的，对于收尸地点、尸数和埋尸地点不可能熟视无睹，不闻不问。我们认为“《大阪朝日新闻》华北版”所报道的存尸、埋尸数肯定来自日本军方。由部分到全部，日本军方和驻华使馆肯定掌握了全部收埋尸体的总数。
第六，日本投降后，外务省和陆海军烧毁了有关中日战争和太平洋战争的资料，同时也相应地指示各下属驻外机构销毁同样性质的资料。尽管如此，日本不可能干净、彻底、一纸不存地销毁所有中日战争和太平洋战争的资料。同时，有关人员头脑中“资料”不可能同时被销毁掉了。后来陆续发表的有关南京大屠杀的回忆录便是最好的证据。
如此看来，日本手中肯定掌握了有关南京大屠杀的关键资料，而且举足轻重，是很有份量的资料。这种可能有以下几种情况和心理：
一、该资料屠杀的人数在34万以上，屠杀的计划和手段完备，永远也不敢公布出来。公布了，无疑将不打自招，对以往的抵赖感到有愧，有损日本国格和政要的人格，对不起国民，必将招来众多的斥责。
二、该资料中屠杀的人数正是30万以上，一经公布将对号入座，成了中国资料最有力的旁证，被迫公开道歉，往后再无推诿的余地。索性不予公布，可以一直扯皮下去，谅你中国也怎么不了日本。
三、该资料中屠杀人数虽有某些差异，但出入不大，最致命的一点是公布出来，偕差异之数也否定不了南京大屠杀的定论，因而认定不如不公布为好。
四、日本不公布他们所掌握的南京大屠杀资料，考虑的是内外因素：一是担心在国民面前丢脸，失去人民的支持；二是担心被中国抓住把柄，往后和日本打交道时态度强硬起来；三是存在翻案心理，为复活军国主义扫除障碍。
我们明确指出，日本方面考虑错了。不要以为南京大屠杀的定性仅仅在日本军屠杀了多少多少中国的平民百姓。当然，屠杀人数是主要因素，而不是一切因素。日本军在南京大屠杀中犯有屠杀、强奸、纵火和掠夺四种罪行。屠杀仅是其中之一，是主要的。南京大屠杀的定性还要考虑到大屠杀是有计划有组织进行的，在于屠杀平民百姓的方针，还在于其手段残忍和在世界上所造成的恶劣影响。这就是南京大屠杀定性的全部因素，至于翻案，那是幻想。已经到了21世纪初，还想走日本军国主义老路，也不是一小撮野心家说了算的。
我们说日本方面想翻掉南京大屠杀铁案是幻想，异想天开，是因为中国尚有1700多名幸存者健在，且有旁证，包括日军参加攻陷南京的官兵提供的第一手资料。
第三部分第38节外国人之目睹及其文字记载(9)
1991年在德意志联邦共和国档案馆波茨坦分馆中发现了实地记录南京大屠杀的一份珍贵资料，该资料记载着：1937年12月13日，日军侵占南京后，在侵华日军华中方面军司令官松井石根和第6师团师团长谷寿夫的授意下，在南京城及其周围地区制造了骇人听闻、震惊世界的南京大屠杀，大批放下武器的俘虏和平民惨遭屠杀。
这份长达190页的档案材料，是由当时留守在南京的德国外交官罗森、安全区国际委员会主席雷伯（西门子公司）、英国记者史密斯和美国牧师马吉根据他们耳闻目睹的情况记录下来，真实可靠，并无夸张之处。
德国驻华使馆迁去汉口时，陶德曼大使派出该馆政务秘书罗森留守南京，收集多方面的情报，特别是中日双方政治和军事情报，并及时向汉口方面报告。推测，波茨坦档案分馆所保存的有关南京大屠杀的资料很可能都来自罗森的报告。他在1938年1月20日的一份报告中说：在南京附近的英国“蜜蜂”号炮舰上，日军海军少将宾藤对英国海军上将特说：在南京附近的江心岛上，还有3万名中国士兵“待清理”。罗森说，所谓’待清理”就是把“这些已失去抵抗能力的中国士兵杀掉”。该报告中还说道：“1937年12月16日，南京上海路聚集了许多中国妇女，她们央求日本兵饶了自己的丈夫和儿子的性命，结果几千名中国平民还是被拉到下关，用机枪扫射，刺刀挑或手榴弹给杀死了。”罗森在1938年3月4日的报告中写道：直到1938年3月4日，在南京下关附近的扬子江江面上还漂浮着大屠杀后留下的3万具尸体。”
关于日本军从难民区里抓走大批难民押到下关集体屠杀，前面已经论证过了。罗森的报告可以相互应证，又是一个铁证。
日本军残忍成性，屠杀中国平民和已放下武器的中国士兵遍及城里城外，到处都有。英国记者史密斯在他关于1937年12月9日至15日南京战况报道中写道；在南京城北门前有一大片一米多厚被日军集体屠杀的中国士兵和平民的尸体。12月15日他由南京去上海登船之前，在港口附近的一片空地上看到几千名被捆绑起来的中国人。日本人对他们一批一批用机枪扫射死，史密斯写道：“被绑起来的中国人，在被枪杀之前必须跪下，然后后脑勺挨一枪，我亲眼看到100多人就是这样被枪杀的。”
几十人、几百人乃至上千人被集体杀害的惨景就更加普遍了。